O filme é a continuação da animação Madagascar (2005) mas, desta vez, o cenário irá mudar. Alex, Marty, Melman e Glória estarão no meio da savana africana. O enredo mostrará os animais tentando voar de volta para Nova York, mas acabam caindo na África. No meio de muita confusão, o leão Alex se aproxima de sua família verdadeira.